Ausbrüche, Evolution Und Rock'n'Roll: Topol Spricht Mit Pardis Sabeti

2023 Autor: Agatha Gilson | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2023-08-25 04:56

Anmerkung des Herausgebers: Pardis Sabeti, MD, DPhil, ist Mitglied des Broad Institute of Harvard und des Massachusetts Institute of Technology (MIT) sowie Professor am Center for Systems Biology und am Department of Organismic and Evolutionary Biology der Harvard University. Sie entwickelt Algorithmen zur Untersuchung der Evolution im Genom der verheerendsten und tödlichsten Krankheiten des Menschen wie Ebola, Lassa-Fieber und Zika.

Flucht vor der iranischen Revolution, Träume vom MIT

Eric J. Topol, MD: Hallo. Ich bin Eric Topol, Chefredakteur von Medscape. Ich habe das besondere Privileg, ein Gespräch mit Pardis Sabeti zu führen. Sie ist eine außergewöhnliche Wissenschaftlerin und Ärztin am Broad Institute der Harvard Medical School und am MIT. Wir werden über den Bogen ihres Lebens und ihrer Karriere sprechen, beginnend als sie im Alter von 2 Jahren aus Teheran hierher gezogen ist.

Pardis Sabeti, MD, DPhil: Ja. Wir kamen um die Zeit der iranischen Revolution in die USA und hatten hier Flüchtlingsstatus. Dann zogen wir nach Hawaii, New Jersey, Georgia und Florida und ließen uns in Florida nieder.

Dr. Topol: Irgendwann waren Sie sich nicht sicher, ob Sie einen Blumenladen besitzen, Schriftsteller werden oder Arzt werden würden. Ist das richtig?

Dr. Sabeti: Damals war ich ungefähr 6 Jahre alt. Ich mochte Blumen sehr, also dachte ich: "Das scheint das Leben zu sein." Als Kind schrieb ich gern. Als Einwanderer und als Kind der Revolution amüsierte sich mein Vater, indem er sagte: "Sie können alles sein, was Sie auf der Welt sein wollen: ein Anwalt oder ein Arzt." Meine Schwester wurde Anwältin und ich wurde Ärztin, aber keiner von uns praktiziert.

Dr. Topol: Musik war ein großer Teil Ihres Lebens. Wann hat sich das verwurzelt?

Dr. Sabeti: Das war erst in der Graduiertenschule. Ich habe mein ganzes Leben lang Musik gemocht und als Kind ein kleines Klavier gespielt. Ich ging die ganze Zeit zu Konzerten. So habe ich meine Zeit genossen. Als ich in der Grundschule war, hatte ich zwei amerikanische Freunde und wir waren zusammen in England. Sie spielten die ganze Zeit "Fantasy Band" und erfanden Bandnamen und solche Sachen. Eines Nachts sagte ich: "Warum machst du immer wieder Fantasy-Banding? Warum nicht einfach eine Band gründen?" Sie sagten, sie müssten zumindest eine Rhythmusgruppe haben, also kaufte ich mir am nächsten Tag einen Bass und das begann meine Reise.

Dr. Topol: In diesen Tagen sind Sie Leadsänger und Autor einer Rockband. Wie oft beschäftigen Sie sich damit?

Dr. Sabeti: Es schwindet und wächst. Es ist nicht sehr förderlich für das Fakultätsleben. Ich ließ es für eine Weile fallen und hatte dann einen Unfall und hob es wieder auf. Musik ist großartig, denn hin und wieder will deine Seele nur sprechen und du hast die Möglichkeit dazu. Es ist ziemlich sporadisch, aber ich habe in letzter Zeit Musik geschrieben.

Dr. Topol: Irgendwie sind Sie am MIT gelandet.

Dr. Sabeti: In der 6. Klasse entstand die Idee, zum MIT zu gehen. Mein Mathematiklehrer hat uns einen 270er Wettbewerb gezeigt: Die MIT-Maschinenbauabteilung hat einen Wettbewerb, bei dem jeder Roboter baut, die gegeneinander antreten. Ich habe dieses Video als Kind gesehen und dachte: "Ich muss da sein." Seitdem war ich als meine Traumschule am MIT gefesselt.

Dr. Topol: Sie wurden auch Rhodes-Stipendiat und gingen nach Oxford.

Dr. Sabeti: Es war eine bizarre Erfahrung direkt nach dem College, in diesem Wunderland zu sein, das Oxford war, und viele existenzielle Krisen ereigneten sich direkt nach dem College. Es war eine sehr informative und großartige Erfahrung.

Dr. Topol: Haben Sie zu diesem Zeitpunkt bereits begonnen, sich mit der gesamten Selektion, Mutation und Evolutionsbiologie zu befassen?

Dr. Sabeti: Nein. Ich denke, das hat das möglich gemacht. Ich war zum MIT gegangen und ich liebte die ganze Technik, aber ich dachte immer noch, dass ich ein Arzt sein sollte. Ich hatte vor, auf die medizinische Fakultät zu gehen, aber ich bekam dieses Stipendium auf einer Lerche. Ich hatte vor, auf die medizinische Fakultät zu gehen, als ich zurückkam. Auf dem Weg dorthin habe ich irgendwie promoviert. Es war eine interessante Erfahrung dort. Sie hatten eine kürzere Doktorandenbahn. Zu diesem Zeitpunkt begann ich mit dieser Arbeit und sie veränderte die Richtung meines Lebens.

Mitten in einem Ausbruch

Dr. Topol: Und dann sind Sie zur medizinischen Fakultät gegangen - eine große Verpflichtung. Wussten Sie zu Beginn Ihrer Karriere, dass Sie die Verantwortung für die genomische Epidemiologie von Ebola und Zika übernehmen würden?

Dr. Sabeti: Auf keinen Fall. Da ich nie beabsichtigte, Wissenschaftler zu werden, hatte ich keinen bestimmten Weg für das, was ich tun wollte. Ich fühle mich wie auf Schnitzeljagd; Ich weiß nicht genau, wohin es geht, aber dieser Weg hat meine Aufmerksamkeit seit einiger Zeit erregt.

Dr. Topol: Das ist eine ziemliche Jagd. Genau das, was Sie mit Ebola gemacht haben - Sie wurden 2014 zur Zeit "Person des Jahres" und zu einer der 100 einflussreichsten Personen der Welt ernannt. Sie sind mit Leuten in Ihrem Labor und vielen anderen Menschen, mit denen Sie zusammenarbeiten, nach Westafrika gegangen, um zu versuchen, das Wissen zu erlangen, das zur Titration der schrecklichen Ebola-Epidemie erforderlich war. Können Sie uns darüber erzählen?

Dr. Sabeti: Sicher. Zum einen bin ich nur ein bisschen Spieler. Am Ende des Tages wurden die Ebola-Kämpfer für die Arbeit anerkannt, die wir alle gemeinsam geleistet haben. Ich hatte das Privileg, einer der Menschen zu sein, die als Beispiel genannt wurden, aber es war eine kollektive Anstrengung. Für uns war die scheinbar kleine Rolle, die wir gespielt haben, dass wir natürlich aus der Genomik stammen - ich habe mir beim Humangenomprojekt die Zähne geschnitten -, wo der Austausch von Daten und ein offenes Gefühl für die Wissenschaft nur eine Selbstverständlichkeit waren.

Dies ist ein Ausbruch, in dem wir uns mitten befanden, weil er an den Ort kam, an dem wir in Afrika arbeiteten. Als wir versuchten, alles zu tun, um unseren Mitarbeitern und Partnern dort zu helfen und Aufmerksamkeit zu erregen, begannen wir, wissenschaftliche Erkenntnisse darüber zu veröffentlichen. Wir haben begonnen, unsere Daten an das Labor weiterzugeben. Interessant war, dass wir uns entschieden haben, keine Anerkennung zu bekommen. Wir wollten nur die Daten in die Welt bringen. Paradoxerweise hat uns das Aufmerksamkeit erregt. Es war anscheinend ungewöhnlich, Daten offen zu teilen, sobald Sie sie generiert haben. Es wurde ein Aufruf an die Gemeinde.

Die Anerkennung war uns egal; Wir wollten nur die Daten in die Welt bringen.

Dr. Topol: Sie haben Ihr Leben aufs Spiel gesetzt, um diese Arbeit zu erledigen. Wie war das?

Dr. Sabeti: Um ehrlich zu sein, als Wissenschaftler ist dies das Risiko, das Sie eingehen. Wir haben einige Zeit an Lassa-Fieber gearbeitet. Ich wurde schon einmal unter Quarantäne gestellt. Wir gehen Risiken ein, aber es handelt sich um sehr gemessene, kalkulierte Risiken. Grundsätzlich waren es in allen Fällen die Kliniker, die sich infizierten. Wir haben das bei dem Ausbruch auf der ganzen Linie gesehen. Als Forscher arbeiten wir in einer sehr geschlossenen Umgebung und können die Dinge sehr gut isolieren. Wir sind wirklich im Dienst der Kliniker. Wir gehen Risiken ein, aber für uns bestand ein höheres Risiko für einen Autounfall als für eine Infektion mit Ebola. Es war uns eine Ehre, dort zu sein, um sie zu unterstützen.

Dr. Topol: In jüngerer Zeit waren Sie an der Geschichte des Zika-Virus beteiligt. Wo stehen wir damit?

Dr. Sabeti: Zika ist anders. Ebola war ein schnell eskalierender Ausbruch. Es war eines dieser Viren, die mit sehr akuten Infektionen und einer sehr hohen Todesrate von Mensch zu Mensch übertragen werden können. Es war ein beängstigendes Ereignis. Zika ist weniger tödlich. Es überträgt nicht so leicht. Es handelt sich normalerweise um Mücken. Aber es ist ein schwierigeres Virus im Kampf; Es ist weiter verbreitet und Mücken sind schwer zu handhaben. Das Virus versteckt sich für kurze Zeit in geringen Konzentrationen ein wenig im Blut, daher ist die Diagnose schwierig. Aber es wird wirklich wichtig wegen der Auswirkungen, die es auf die Schwangerschaft und auf Kinder haben kann, die von Müttern geboren wurden, die Zika haben. Zika löst bei uns allen eine viszerale Reaktion aus, weil sie eine gefährdete Bevölkerung betrifft, die uns allen am Herzen liegt.

Bitte spielen Sie mit unseren Daten

Dr. Topol: 2015 haben Sie einen TED-Vortrag darüber gehalten, wie wir mit dem nächsten tödlichen Virus umgehen werden. Können Sie zusammenfassen, worüber Sie damals gesprochen haben?

Dr. Sabeti: Das war mitten im Ebola-Ausbruch. Ich war gebeten worden, bei TEDWomen einen Vortrag zu halten. Ich habe gerade besprochen, was ich damals dachte. Ich hatte nicht wirklich genau darüber nachgedacht, wie die Nachricht aussehen würde, und ich wusste nicht unbedingt, dass sie online veröffentlicht werden würde. Tatsächlich habe ich während meines Gesprächs gesungen. Es war gut im Raum, aber sie wollten es ausschneiden und auf die richtige Länge bringen [für TED Talks online]. Ich hatte einfach Spaß damit. Die Nachricht handelte von Ausbrüchen und wie beängstigend sie sind. Aber es ist ein Krieg, den wir gewinnen können - aber den wir durch Zusammenarbeit gewinnen. Es unterscheidet sich sehr von anderen Arten von Bedrohungen für die Menschheit. Das war es, was ich fühlte - die Kraft menschlicher Fähigkeiten und die Liebe, solche Herausforderungen zu meistern.

Dr. Topol: Eigentlich ist das eine Sache, die ich in unserem Chat unterstreichen wollte. Sie haben eine globale kollaborative Engine zusammengestellt, die für den Echtzeit-Datenaustausch in diesen Sherlock-Untersuchungen der Mutationen in einem Virus, die für seine Bewegung verantwortlich sind, exquisit ist. Durch die Sequenzierung haben wir dieses bemerkenswerte Werkzeug. Aber wenn Sie nicht alle Menschen und Teile auf der ganzen Welt zusammenbringen könnten, könnte es nicht so gut funktionieren, oder?

Dr. Sabeti: Auf jeden Fall. Ich habe großartige Leute in meinem Labor, die unglaublich kooperativ sind. An jedem Punkt denken wir darüber nach, wie wir andere erreichen können. Es hat Spaß gemacht. Viele unserer Kooperationen fanden statt, als wir unsere Daten im Web veröffentlichten. Einige der größten Führer der Welt haben sich an uns gewandt und gesagt: "War das ein Fehler? Wollten Sie das veröffentlichen?" Wir sagten: "Nein, bitte spielen Sie damit."

So entstehen Kooperationen. In der Vergangenheit war die Community sehr dumm und wettbewerbsfähig. Aber es gibt eine Koalition der Willigen, die betteln. Es schien, als ob, sobald wir es taten, eine Gruppe von Menschen wirklich begeistert war. Wir waren begeistert, die Gelegenheit zu haben, zusammenzuarbeiten.

Dr. Topol: Es war eine Inspiration, weil ich noch nie ein so überschwängliches, so schnelles und weltweit verteiltes Teilen gesehen habe. Es ist ein neues Modell, und ich wünschte, wir könnten dies in allen medizinischen Forschungen auf ganzer Linie tun.

Kein Mangel an Ausbruchspuzzles

Dr. Topol: Sie sind ziemlich jung und haben einiges erreicht. Sie haben einen National Institutes of Health Innovator Award, ein Labor mit 34 Mitarbeitern und viel los. Wohin gehst du von hier aus? Was ist die nächste Phase Ihrer Karriere?

Dr. Sabeti: Bei Ausbrüchen gibt es viel zu tun. Wir kratzen wirklich nur an der Oberfläche. An dieser Stelle identifizieren wir das Problem. Wir sind an einem sehr aufregenden Ort für die Technologie. Wenn wir es richtig einsetzen, können wir ein leistungsfähiges Netzwerk haben, das sehr schnell reagieren kann. Dem widme ich mich. Das ist etwas, was ich schon lange machen wollte. Ich bin den Studenten in meinem Labor gewidmet. Ich liebe meinen Job und was ich mache.

Und ich bin umgezogen. Diese Schnitzeljagd hat mich zu anderen Projekten geführt, an denen ich interessiert bin. Während meiner Karriere bin ich in Bereiche gegangen, in denen das Unerwartete passiert oder ich nicht unbedingt der offensichtlichen nächsten großen Sache nachjage. Niemand wusste etwas über das Lassa-Fieber-Virus, aber ich fühlte mich stark dabei. Es gibt einige dieser Rätsel, die ich lösen möchte.

Dr. Topol: Glauben Sie, dass Sie sich auf die Idee einlassen werden, dass wir die Sequenzierung routinemäßig frühzeitig einsetzen sollten, um Infektionen zu diagnostizieren?

Dr. Sabeti: Das machen wir schon. Michael Wilson hielt heute Morgen eine großartige Präsentation [bei Future of Genomic Medicine X]. Wir machen in Boston in unserer Klinik sehr ähnliche Sachen. Wir haben eine Reihe von Fällen durch einen Forschungsansatz diagnostiziert, jedoch weit vor der klinischen Diagnose.

Dr. Topol: Sind Sie fast bereit, dies klinisch anzuwenden?

Dr. Sabeti: Es gibt noch einige Dinge zu erledigen, aber es sind leistungsstarke Daten. Wir erstellen ein CLIA-Labor und rollen das aus. Es passiert im ganzen Land. Die Forschungszentren, die viel sequenzieren, versuchen, die Fähigkeit dazu zu schaffen.

Dr. Topol: Sehen Sie den Tag, an dem MinION-Sequenzierungs-USB-Sticks für die Sequenzierung in abgelegenen Teilen der Welt verwendet werden und die Daten irgendwie über das Internet abgerufen werden, um den Fehler auf diese Weise herauszufinden?

Dr. Sabeti: Auf jeden Fall. MinION ist ein wirklich leistungsstarkes Modell. Offensichtlich müssen all diese Dinge weiter voranschreiten. Wir sehen, dass die Genomtechnologie das Mooresche Gesetz weit übertrifft. Es sollte nicht zu lange dauern, bis wir alle einen in unseren Häusern haben. Ehrlich gesagt sollte niemand jemals ins Krankenhaus gehen, wenn er eine Infektion hat. Es wird eine Senkgrube; Sie bekommen eine weitere Infektion. Irgendwann wird es soweit sein. Selbst wenn wir sie nur in die Hauptkliniken und Großstädte bringen könnten, würde dies einen großen Unterschied machen.

Dr. Topol: George Orwell nannte das Krankenhaus "das Vorzimmer zum Grab". Er wusste nicht, dass es an einer nosokomialen Infektion lag.

Ich würde gerne stundenlang mit Ihnen sprechen und ich weiß, dass die Leute, die zuhören, sehr fasziniert sind, weil Sie so viel getan haben, um das Gesicht der Medizin in diesen globalen Epidemien zu verändern. Wir sind Ihnen zu Dank verpflichtet. Darüber hinaus haben Sie so viele gute Leute ausgebildet. Wir freuen uns sehr, dass wir den Menschen in der medizinischen Gemeinschaft helfen konnten, Sie kennenzulernen, denn es gibt nicht viele Menschen wie Sie, Pardis.

Vielen Dank, dass Sie sich uns angeschlossen haben, und vielen Dank an alle, die zugehört haben. Dies war eine lustige Diskussion und ich denke, wir werden in den kommenden Jahren viel mehr von Pardis hören. Vielen Dank.